En el mismo sitio se encontraron momias, bustos y monedas con el rostro de Cleopatra.
Las excavaciones, cerca de un templo al occidente de la ciudad de Alejandría, comenzarán la próxima semana.
La historia de la reina egipcia y su amante romano ha cautivado a generaciones durante más de 20.000 años.
Ambos tenían grandes ambiciones para la formación de un imperio egipcio, pero tras ser derrotados por un ejército romano se suicidaron en el año 30 AC.
Ahora los científicos dicen que tienen evidencia de que la famosa reina y su general fueron enterrados juntos en un sistema de túneles debajo del templo de Taposiris Magna.
El equipo de arqueólogos egipcios y dominicanos que han estado trabajando en la zona en los últimos tres años, afirma que llegaron a esa conclusión tras el reciente hallazgo de tumbas que contenían unas 10 momias, un busto de Cleopatra, monedas con su imagen y una máscara que se cree perteneció a Marco Antonio.
Tal como dijo a la BBC el doctor Zahi Hawass, director del Consejo Supremo de Antigüedades de Egipto, estos hallazgos demuestran que la ubicación es un sitio muy importante.
"El descubrimiento de este tipo de objetos demuestra que la gente que fue enterrada aquí fueron personajes importantes", afirma el arqueólogo.
"Por eso en semanas recientes alquilamos un equipo de escaneo por radar para analizar el suelo a unos 30 metros bajo la superficie y el radar mostró tres sitios donde podrían estar los restos y si tenemos suerte quizás encontraremos las tumbas de Cleopatra y Marco Antonio.
"Y si es así, podría ser el hallazgo arqueológico más importante del siglo XXI", afirma el científico.
Amantes fracasados
Los hallazgos recientes fueron hechos en una serie de pozos profundos bajo el templo construido durante el reinado de Ptolomeo II (282 a 246 AC).
Marco Antonio se suicidó en agosto del año 30 AC después de perder la batalla de Actium y pocos días después Cleopatra decidió también acabar con su vida. Sus tumbas fueron escondidas y hasta ahora no habían podido localizarse.
"Murieron en un período de guerras y la gente de Roma no los quería, así que creemos que Cleopatra ordenó esconder ambas tumbas y éste parece ser el lugar perfecto".
Según Zahi Hawass, si realmente logran ubicar las tumbas y éstas están intactas podrían contener artefactos preciosos y muy valiosos.
"Cleopatra fue una de las mujeres más poderosas de su época -expresa el doctor Hawass- y con sus encantos atrapó los corazones de dos de los hombres más poderosos de aquel tiempo: Julio César y Marco Antonio, así que es probable que haya objetos importantes".
Muerte misteriosa
Hay teorías de que Cleopatra no era tan atractiva como se piensa popularmente. Las leyendas cuentan que Cleopatra se suicidó con la mordedura de una víbora venenosa, pero tal como afirma el experto egipcio, nadie sabe con certeza cómo murió la faraona.
"Creemos que la idea de la víbora es algo romántica y le ha dado mucho misterio a su muerte, pero no estamos seguros de que realmente haya muerto así, como lo vemos en las películas.
"Lo cierto es que sí se suicidó, y la historia cuenta que cuando Octavio derrotó a Marco Antonio en Alejandría éste se suicidió. Cleopatra después trató de ganar el corazón de Octavio, pero cuando vio que no había esperanzas decidió también morir.
"Era una mujer sumamente ambiciosa y quería reinar el mundo desde Egipto".
Y a pesar de lo que dijo un equipo de expertos británicos hace dos años, que Cleopatra no era tan hermosa como se pensaba sino más bien era algo fea, el profesor Hawass afirma que el hallazgo reciente revela lo contrario.
"El busto que encontramos en Taposiris demuestra sus encantos, e indica que Cleopatra no era poco atractiva. Y creo que una mujer que logró atrapar los corazones de Julio César y Marco Antonio no pudo de ninguna forma ser una mujer fea", expresa el arqueólogo.
BBC Ciencia